Οι πρόσφατες επιδημιολογικές μελέτες δείχνουν ότι το μικροβιακό περιβάλλον και η έκθεση σε μικροβιακά παράγωγα στην νεογνική ηλικία, τροποποιούν την αντίδραση του ανοσοποιητικού συστήματος. Το γαστρεντερικό σύστημα περιλαμβάνει μεγάλο κομμάτι του λεμφικού ιστού και του μικροβιακού ρεζερβουάρ.
H microflora του εντέρου φαίνεται ότι είναι ο μεγαλύτερος εξωτερικός παράγων που κατευθύνει την ωρίμανση του ανοσοποιητικού συστήματος μετά τη γέννηση, μέσω της ισορροπίας των ΤΗ1/ΤΗ2 λεμφοκυττάρων. Ειδικά στελέχη της φυσιολογικής μικροβιακής χλωρίδας βρέθηκε ότι προάγουν την παραγωγή της ιντερλευκίνης 10 και του β-αυξητικού παράγοντα τρανσφορμίνης, οι οποίοι έχουν σημαντική ρυθμιστική ρόλο στην αλλεργικού τύπου ανοσολογική αντίδραση.
Το έμβρυο είναι στείρο από μικρόβια μέσα στη μήτρα. Το έντερο του δεν περιέχει μικρόβια και είναι γεμάτο από αμνιακό υγρό που το έμβρυο καταπίνει. Με την έναρξη του τοκετού εκτίθεται σε μικρόβια που προέρχονται από τη μητέρα και τον περιβάλλοντα χώρο. Το είδος της μικροβιακής χλωρίδας που θα εγκατασταθεί εξαρτάται από: α)τον τρόπο μαίευσης β)την διατροφή των πρώτων ημερών της ζωής γ)τη χορήγηση φαρμακευτικής αγωγή ή παρεντερικής διατροφής δ) το κοινωνικοοικονομικό περιβάλλον (βιομηχανική ή υπό ανάπτυξη χώρα).
Όσον αφορά στη διατροφή του νεογνού τις πρώτες ημέρες της ζωής του, φαίνεται ότι παίζει καθοριστικό ρόλο στο είδος των μικροβίων που θα αναπτυχθούν στο έντερο. Τα μεν θηλάζοντα, έχουν ένα εντερικό οικοσύστημα που χαρακτηρίζεται κυρίως από την επικράτηση των δισχιδών βακτηριδίων και των γαλακτοβακίλλων, λόγω του όξινου περιβάλλοντος (milieu) που δημιουργούν η χαμηλή πρωτεΐνη του μητρικού γάλακτος, η παρουσία αντισηπτικών ουσιών ( λακτοφερίνη, ανοσοσφαιρίνη Α, λυσοζύμη), οι ολιγοσακχαρίτες που δρουν ως προβιοτικά και η παραγωγή γαλακτικού οξέος. Αντίθετα στα νεογνά που τρέφονται με ξένο γάλα, το περιβάλλον του εντέρου είναι αλκαλικό, με αποτέλεσμα να δημιουργούνται εντεροβακτηριοειδή και gram αρνητικά βακτηρίδια. Σε όλα τα αλλεργικά παιδιά είναι κοινό εύρημα καθυστέρηση στην ανάπτυξη γαλακτοβακίλλων και δισχιδών βακτηριδίων στη microflora του εντέρου. Με τα ευρήματα αυτά φαίνεται ότι ο αποκλειστικός θηλασμός τις πρώτες μέρες της ζωής δρα προστατευτικά στην ανάπτυξη αλλεργίας.